Od 1. 2. 2018 do 31. 1. 2020 je Gymnázium, Praha 9, Špitálská 2 realizátorem projektu "Podpora vzdělávání na GŠ“ s registračním číslem CZ.02.3.68/0.0/0.0/16_042/0008060, který je spolufinancován Evropskou unií. Projekt je zaměřen na další vzdělávání, osobnostně profesní rozvoj pedagogických pracovníků a práci školní psycholožky. Celková výše podpory činí 942 744 Kč.
Od 1. 2. 2020 navazuje projekt CZ.02.3.68/0.0/0.0/18_066/0016850 zaměřený na personální podporu, společné vzdělávání žáků a podporu extrakurikulárních aktivit.

Gymnázium, Praha 9, Špitálská 2 spolupracuje s fakultním programem Street Law (http://streetlaw.eu/) Právnické fakulty Univerzity Karlovy.
Studenti vyšších ročníků se pravidelně účastní projektu Příběhy bezpráví, který připravuje Jeden svět na školách ve spolupráci s Člověkem v tísni. https://www.jsns.cz/projekty/pribehy-bezpravi.
Na gymnáziu probíhají pravidelná setkání učitelů fyziky, tzv. regionální centrum Elixíru do škol. Podívejte se na krátký sestřih z 10. centra.
Učitelé fyziky ostatních škol k nám zavítají také v rámci projektu Heuréka, což jsou víkendové semináře pro učitele fyziky. Termíny těchto akcí naleznete pod odkazem Kalendář akcí.
Starší projekt realizovaný studenty 2009-2011 je Geografie MČ Praha 9.